Người Khanty tôn kính những vị thần cai quản động vật, thần rừng và thần sông. Vị thủ lĩnh ở vị trí trung gian giữa thế giới người và thế giới tâm linh, với một hệ thống phức tạp các vị thần. Họ cũng là người thực hành tín ngưỡng và chữa bệnh, là pháp sư, là vị lãnh đạo tinh thần của cộng đồng. Vũ trụ luận của người Khanty là thế giới linh hồn có nhiều tầng, gồm những vị thần bầu trời phương Đông, những linh hồn trái đất, một thế giới bên dưới mặt đất thỉnh thoảng kết giao với hương Bắc. Một số linh hồn trái đất được tin là linh hồn của những tổ tiên đã chết, đặc biệt là các thầy phù thủy (pháp sư)[1]. Tuần lộc là nguồn sống và là tinh thần, tín ngưỡng của người Khanty.

Đặc điểm dòng dõi được phản chiếu trong cấu trúc tâm linh là mỗi dòng dõi và bào tộc (thị tộc gốc tạo thành bộ lạc) có một sự liên kết với tô-tem (vật tổ). Như người Por thì có mối liên kết với Gấu thiêng bị cấm săn hoặc ăn thịt gấu, trừ trong những nghi lễ của họ. Hầu hết các bộ tộc Khanty mối liên hệ với Thỏ rừng thiêng[1]. Quan niệm của người Khanty về thượng đế, bắt nguồn từ Chính thống giáo Nga, mường tượng những linh hồn Khanty sống ở nơi những con tuần lộc sinh sản bình thường. Nhiều nghi lễ truyền thống của người Khanty nay đã không còn, hoặc đã bị thế tục hóa. Nhưng bói toán để khám phá danh tính của một đứa trẻ như là một tổ tiên đầu thai thì vẫn được thực hiện thường xuyên.

Ngày lễ chính Sông Ob, một ngày lễ lớn vào giữa mùa hè của những người đánh cá, là thời gian để ăn uống no say. Người Khanty tin có nhiều linh hồn (như đàn ông có 5 linh hồn, còn phụ nữ có 4), nên họ đặc biệt thận trọng giữ gìn linh hồn trong những đám ma và những ngày lễ tưởng nhớ. Trong khi một trong số những linh hồn, lil, có thể trú ngụ trong hình ảnh tổ tiên và thậm chí đầu thai, những linh hồn khác có thể lên trời, hoặc trở thành chim, hay bị quỷ dữ đánh cắp[1]. Họ cho rằng mình có thể liên hệ với thế giới thần linh bằng cách hiến sinh tuần lộc hoặc ngựa[1].